เมื่อจุลทรรศน์ถือกำเนิดขึ้นในฐานะของวิทยาศาสตร์ นักพฤกษศาสตร์และนักสัตววิทยาได้ค้นพบหลักฐานของความหลากหลายของสิ่งมีชีวิตที่ส่วนใหญ่มองไม่เห็นด้วยตาเปล่า ด้วยข้อยกเว้นที่หาได้ยาก ผู้มีอำนาจในสมัยนั้นจำแนกรูปแบบที่มองเห็นได้ด้วยตาเปล่าขนาดเล็กเช่นพืชขนาดเล็ก อะมีบา (เรียกว่าสาหร่าย) และสัตว์ขนาดเล็ก (เรียกว่า "สัตว์ตัวแรก" หรือโปรโตซัว) งานจัดอนุกรมวิธานดังกล่าวไม่ได้รับการท้าทายเลยเป็นเวลาหลายปี แม้ว่าข้อเท็จจริงที่ว่ารูปแบบชีวิตส่วนใหญ่เหล่านั้น—ไม่ต้องพูดถึงสิ่งที่มองด้วยตาเปล่าขนาดใหญ่ รูปแบบปรสิตต่าง ๆ และกลุ่มทั้งหมดที่เรียกว่าเชื้อรา—ไม่มีลักษณะที่สำคัญ ซึ่ง "พืช" และ "สัตว์" มีความแตกต่างกัน จึงต้องถูกบังคับให้จัดอยู่ในประเภทของอาณาจักรเหล่านั้น