ในทำนองเดียวกัน โปรตีนและไขมัน (ไขมัน) จะถูกทำลายลงระหว่างการทำให้สุก ระดับของการสลายตัวของโปรตีน หรือการสลายโปรตีน ส่งผลต่อทั้งรสชาติและความสม่ำเสมอของชีสขั้นสุดท้าย โดยเฉพาะอย่างยิ่งใน Limburger และชีสที่สุกด้วยแม่พิมพ์สีน้ำเงิน ชีสที่สุกโดยใช้แม่พิมพ์พื้นผิว เช่น Brie อาศัยเอนไซม์ที่ผลิตโดยเชื้อรา Penicillium camemberti สีขาวเพื่อทำลายโปรตีนจากภายนอก เมื่อไขมันถูกสลาย (เช่นในชีส Parmesan และ Romano) กระบวนการนี้เรียกว่าการสลายไขมันตาหรือรูทั่วไปของชีสประเภทสวิส เช่น Emmentaler และ Gruyère มาจากการหมักแบบทุติยภูมิที่เกิดขึ้นเมื่อหลังจากผ่านไปสองสัปดาห์ ชีสจะถูกย้ายจากการบ่มในตู้เย็นไปยังห้องอุ่นซึ่งมีอุณหภูมิอยู่ในช่วง 20 ถึง 24 °C (68 ถึง 75 °F) ในขั้นตอนนี้ จุลินทรีย์ แลคเตตที่เหลือจะเป็นอาหารเลี้ยงเชื้อที่เหมาะสมสำหรับแบคทีเรียกรดโพรพิโอนิก (Propionibacterium shermanii) เพื่อเติบโตและสร้างก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ การก่อตัวของดวงตาใช้เวลาสามถึงหกสัปดาห์ การบ่มในห้องอุ่นจะหยุดลงเมื่อล้อมีพื้นผิวโค้งมน และจะได้ยินเสียงสะท้อนของรูเมื่อชีสถูกทุบ จากนั้น ชีสจะถูกย้ายกลับไปที่ห้องเย็น ซึ่งชีสจะถูกบ่มที่อุณหภูมิประมาณ 7 °C (45 °F) เป็นเวลา 4 ถึง 12 เดือน เพื่อพัฒนารสชาติที่หอมหวานตามแบบฉบับของชีส