ส่วนอีกเส้นหนึ่งเรียกว่าเส้นผู้โดยสารจะถูกปล่อยและย่อยสลาย จากนั้นโปรตีน AGO จะใช้สายนำทางเพื่อค้นหาเป้าหมาย RNA ที่สายนำทางสามารถจับคู่ได้ ซึ่งนำไปสู่การทำให้ยีนเงียบด้วยวิธีการต่างๆ ในสถานการณ์หนึ่ง ใช้เพื่อปิดการทำงานของ RNA ที่เข้ารหัสโปรตีน โปรแกรมแนะนำ AGO จะแบ่ง RNA เป้าหมายออกเป็นสองส่วนหรือแยก RNA เป้าหมายออกจากเครื่องจักรสังเคราะห์ โปรตีน ในสถานการณ์ทางเลือก การจับคู่ RNA นำทางกับ RNA เป้าหมายจะเกิดขึ้นในขณะที่ RNA เป้าหมายยังคงถูกสังเคราะห์และทำให้เกิดการสรรหาโปรตีนที่ดัดแปลงทางเคมีของยีนที่กำลังถอดรหัส ในสิ่งมีชีวิตที่หลากหลายซึ่งรวมถึงพืชและมนุษย์ การดัดแปลงเหล่านี้เกี่ยวข้องกับการเติมหมู่เมทิลคาร์บอนเดี่ยวไปยัง DNA ที่ถูกถอดรหัส ซึ่งนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงในการจัดระเบียบของยีนที่ขัดขวางการถอดรหัสและการสังเคราะห์ RNA ต่อไป