หลังจากกองทหารที่ได้รับชัยชนะของคาสโตรเข้าสู่กรุงฮาวานาในวันที่ 8 มกราคม พ.ศ. 2502 เกวาราได้รับใช้เป็นเวลาหลายเดือนในคุกลา คาบาญา ซึ่งเขาดูแลการประหารชีวิตบุคคลที่ถือว่าเป็นศัตรูของการปฏิวัติ เกวารากลายเป็นพลเมืองคิวบา มีชื่อเสียงในรัฐบาลมาร์กซิสต์ที่จัดตั้งขึ้นใหม่ เช่นเดียวกับที่เขาเคยอยู่ในกองทัพปฏิวัติ ซึ่งเป็นตัวแทนของคิวบาในภารกิจทางการค้ามากมาย เช เกวารา เขายังเป็นที่รู้จักกันดีในโลกตะวันตกจากการต่อต้านลัทธิจักรวรรดินิยมและลัทธิอาณานิคมใหม่ทุกรูปแบบและการโจมตีนโยบายต่างประเทศ ของสหรัฐฯ เขาดำรงตำแหน่งหัวหน้าแผนกอุตสาหกรรมของ National Institute of Agrarian Reform ประธานธนาคารแห่งชาติคิวบาสำหรับทุนนิยมโดยเซ็นชื่อง่ายๆว่า "เช") และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงอุตสาหกรรม