โรคและแมลงศัตรูพืชที่พบบ่อย ได้แก่ โรครากเน่าดำ โรคเ***่ยว Fusarium ไวรัสโมเสกยาสูบ (TMV) โรคใบจุดจากแบคทีเรีย โรคราน้ำค้าง ก้านดำ ไม้กวาด และวัชพืชแม่มด สิ่งเหล่านี้อาจถูกควบคุมโดยสุขอนามัย การปลูกพืชหมุนเวียน การใช้สารกำจัดเชื้อราและสารกำจัดวัชพืชและสารรมควัน และการผสมพันธุ์ของสายพันธุ์ที่ต้านทานโรค ยาสูบบางสายพันธุ์ที่ต้านทานได้ผลิตขึ้นโดยการผสมผสานลักษณะที่ต้องการจากยาสูบดอกยาว (N. longiflora) และ N. glutinosa และอื่น ๆ บุหรี่ กับสายพันธุ์ยาสูบเชิงพาณิชย์แมลงศัตรูพืชทั่วไป ได้แก่ ตัวอ่อนแมลงปีกแข็งสีเขียว หนอนกระทู้ผัก ด้วงหมัดในแปลงพืช หนอนนก แตนเบียน ตั๊กแตน ด้วงหมัด หนอนกระทู้ผัก หนอนหน่อไม้ และเพลี้ยในแปลงนา ด้วงบุหรี่หรือยาสูบทำลายใบที่เก็บไว้และบางครั้งผลิตภัณฑ์ที่ผลิต แมลงศัตรูพืชถูกควบคุมในพืชที่กำลังเติบโตโดยใช้สเปรย์กำจัดศัตรูพืชและฝุ่น กับผลิตภัณฑ์ที่จัดเก็บโดยการรมควันและกับดัก การควบคุมโดยชีววิธีมักจะได้ผล การรมยาควบคุมไส้เดือนฝอยในแปลงนา