การเกษตรของญี่ปุ่นมีลักษณะเป็นฟาร์มขนาดเล็กจำนวนมากและมักไม่มีประสิทธิภาพ ฟาร์มขนาดใหญ่มักพบในฮอกไกโด ซึ่งมีพื้นที่ 25 เอเคอร์ (10 เฮกตาร์) หรือมากกว่านั้นเป็นเรื่องธรรมดา พืชผลหลักของประเทศคือข้าว ผลผลิตทางการเกษตรที่สำคัญอื่นๆ ได้แก่ ข้าวสาลี ข้าวบาร์เลย์ มันฝรั่ง ผลไม้ ผัก และชานโยบายการเกษตรของรัฐบาลสนับสนุนการพึ่งพาตนเองในสินค้าโภคภัณฑ์ที่สำคัญกว่า แม้ว่าเป้าหมายดังกล่าวจะสำเร็จเพียงข้าวและมันเทศเท่านั้น (และในปี 2543 การผลิตภายในประเทศสำหรับสินค้าทั้งสองชนิดน้อยกว่าที่ต้องการ) ดังนั้นในความเป็นจริงเกือบครึ่งหนึ่งของประเทศต้องนำเข้าอาหาร ลักษณะเด่นของนโยบายการพึ่งพาตนเองคือการปกป้องอย่างเข้มแข็งสำหรับการผลิตข้าวในท้องถิ่นและราคาข้าวจากผู้ผลิตที่สูงเกินจริง เศรษฐกิจ กฎหมายที่ตราขึ้นในปี พ.ศ. 2538 พยายามที่จะนำหลักการตลาดมาใช้ในโครงสร้างราคาสินค้าเกษตรและให้ความสำคัญกับความต้องการของผู้บริโภคมากขึ้น การนำเข้าข้าวได้รับการเปิดเสรีบางส่วนในปีเดียวกันนั้น และการห้ามนำเข้าข้าวถูกยกเลิกในปี 2542 แม้ว่าภาษีศุลกากรจะสูงลิ่วก็ตาม