โครโมโซมเพศของพืชพบมากที่สุดในไบรโอไฟต์พบค่อนข้างบ่อยในพืชมีท่อลำเลียงและไม่พบในเฟิร์นและไลโคไฟต์ [14]ความหลากหลายของพืชสะท้อนให้เห็นในระบบการกำหนดเพศ ซึ่งรวมถึงระบบ XY และUVเช่นเดียวกับพันธุ์ต่างๆ โครโมโซมเพศมีวิวัฒนาการอย่างอิสระในกลุ่มพืชหลายกลุ่ม การรวมตัวกันอีกครั้งของโครโมโซมอาจนำไปสู่ความแตกต่างระหว่างโครโมโซมเพศก่อนการพัฒนาของโครโมโซมเพศ หรือการรวมตัวกันอีกครั้งอาจลดลงหลังจากโครโมโซมเพศพัฒนาขึ้น [15]ภูมิภาคเทียมอัตโนมัติเพียงไม่กี่แห่งเท่านั้นโดยปกติจะยังคงอยู่เมื่อโครโมโซมเพศมีความแตกต่าง โครโมโซมเพศ อย่างสมบูรณ์ เมื่อโครโมโซมไม่รวมตัวกันใหม่ ไดเวอร์เจนซ์ของลำดับที่เป็นกลางจะเริ่มสะสม ซึ่งถูกนำมาใช้ในการประมาณอายุของโครโมโซมเพศในสายพันธุ์ต่างๆ ของพืช แม้แต่ความแตกต่างที่เก่าแก่ที่สุดโดยประมาณใน Liverwort Marchantia polymorphaก็ยังใหม่กว่าความแตกต่างของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมหรือนก เนื่องจากความใหม่นี้ โครโมโซมเพศของพืชส่วนใหญ่จึงมีบริเวณที่เชื่อมโยงกับเพศที่ค่อนข้างเล็ก หลักฐานในปัจจุบันไม่สนับสนุนการมีอยู่ของโครโมโซมเพศของพืชที่เก่าแก่กว่าโครโมโซมของM. polymorpha  ความชุกของ autopolyploidyสูงในพืชยังส่งผลต่อโครงสร้างของโครโมโซมเพศด้วย โพลีพลอยไดเซชันสามารถเกิดขึ้นได้ก่อนและหลังการพัฒนาของโครโมโซมเพศ หากเกิดขึ้นหลังจากสร้างโครโมโซมเพศแล้ว