ในอดีต นกอินทรียักษ์ฟิลิปปินส์ถูกตราหน้าว่าดุร้าย แต่ประเพณีการผสมพันธุ์ของพวกมันดูขัดกับการจัดประเภทนี้ เมื่อจับคู่แล้ว นกอินทรีฟิลิปปินส์จะผสมพันธุ์ตลอดชีวิต นกอินทรี นกอินทรีตัวเมียโตเต็มที่เมื่ออายุได้ 5 ปี และตัวผู้เมื่ออายุได้ 7 ขวบ การเกี้ยวพาราสีเริ่มต้นด้วยผู้ชายไล่ตามผู้หญิงในอากาศ จากนั้นเขาก็แสดงกรงเล็บของเขา หากตอบรับ ตัวเมียจะพลิกหลังกลางเวหาเพื่อเผยตัว เมื่อกรงเล็บทั้งสองได้รับการอนุมัติร่วมกัน พวกมันจะสร้างรังด้วยกัน